ماموریت های قرارگاه پدافند زیستی کشور
1-سیاست گذاری ، برنامه ریزی، راهبری، فرماندهی، هدایت، کنترل، نظارت و مدیریت یکپارچه حوزه پدافند زیستی، مصون سازی سرمایه های ملی زیستی در برابر تهدیدات این حوزه
2-رصد و پایش، هشدار، تشخیص، کنترل و ارزیابی تهدیدات زیستی و اشراف اطلاعاتی در حوزه های مرتبط در سطوح ملی، استانی و شهری
3-توسعه و ارتقاء بهداشت عمومی، پیشگیری در برابر تهدیدات زیستی در حوزه های مرتبط
4-ارتقاء و ساماندهی ظرفیت ها و توانمندی های امداد و نجات، درمان تخصصی و بازیابی و بازتوانی سرمایه های آسیب دیده از تهدیدات زیستی
5-افزایش توانمندی اجرای عملیات و مدیریت صحنه بحران های زیستی در حوزه های مرتبط
6-مدیریت و ذخیره سازی بانک های اطلاعاتی و کلکسیون های زیستی
7-توسعه، ساماندهی و تجهیز شبکه آزمایشگاه های همکار و مرجع با قدرت تشخیص هر گونه تهدید زیستی
8-آموزش عمومی و تخصصی، تحقیق، توسعه و تولید علوم و فناوری های پیشرفته پدافند زیستی بصورت خوداتکا
9-ارتقا و ساماندهی بهینه صنعت پدافند زیستی بصورت خوداتکا، خودکفا و بومی
10-ارتقا ظرفیت احتیاط راهبردی عمل کلی پدافند زیستی با قابلیت های تخصصی منحصر به فرد در سطح ملی
11-سازماندهی، تربیت و آموزش نیروهای تخصصی و مدیریتی در حوزه پدافند زیستی
12-فرهنگ سازی و ارتقاء آگاهی ها و اطلاع رسانی و آرامشبخشی روانی جامعه در بحران های زیستی
13-ارتقاء آمادگی ظرفیت های پدافند زیستی با آموزش، ساماندهی، تمرین و رزمایش
14-دفاع از منابع ملی و حقوق جمهوری اسلامی ایران در برابر تهدیدات زیستی دشمن در مجامع بین المللی