براساس مصوبه کمیته دائمی پدافندغیرعامل کشور به شماره 144/315/127 مورخ 20/4/1391، وزیران عضو و اعضای دیگر کارگروه کمیته دائمی پدافند غیرعامل در جلسه مورخ 23/3/91 بنا به پیشنهاد دبیرخانه کمیته دائمی پدافند غیرعامل و به استناد سیاست های کلی نظام در پدافند غیرعامل ابلاغی مقام معظم رهبری و همچنین بند "ب" ماده 198 قانون برنامه پنجم توسعه در حوزه پدافندغیرعامل و ابلاغ سیاست های اجرایی مصوبه شماره (166/315/127 مورخه 19/11/1390) کمیته دائمی پدافندغیرعامل و اعضای کارگروه دارای اختیارات اصل 127 و 138 قانون اساسی و با رعایت مفاد قانونی و مستندات موجود این ابلاغیه چارچوب و وظایف قرارگاه پدافند زیستی کشور و وظایف دستگاه ها نسبت به آن را تصویب نمودند.
رسالت قرارگاه پدافند زیستی کشور براساس تدابیر مقام معظم رهبری و مستندات قانونی، ارتقاء جایگاه کشور در سطح بازدارندگی ملی، کاهش آسیب پذیری ها، تداوم چرخه خدمات حیاتی و ضروری زیرساخت ها، ارتقاء فرهنگ و امنیت روانی-اجتماعی و مدیریت بحران در برابر هرگونه تهدید ناشی از عوامل زیستی است.
قرارگاه پدافند زیستی کشور در راستای تحقق رسالت خطیر خویش ماموریت دارد تا با ایجاد سازوکار لازم و بکارگیری، هدایت و ارتقای ظرفیت ها و توانمندی های کشور نسبت به شناسایی و برآورد تهدیدات زیستی، پیشگریو دفاع هدفمند و موثر در زمینه گسترش آلودگی های زیستی در حوزه های مختلف انسانی، دامی و گیاهی که به طور عام سلامت انسان را به عنوان ارزشمندترین دارایی و به طور خاص کشور را در حوزه های مرتبط با چالش و بحران های اقتصادی مواجه می نماید، اقدام نماید.