با توجه به ماهیت ویروس‌ها و فقدان ابزارهای کنترلی که به استقرار پاتوژن‌ها کمک می‌کنند، تهدید درازمدت مهم‌ترین تهدید پیش روی ما در برابر بیماری‌های ویروسی است. اکثر ویروس‌های گیاهی را ناقلان بیماری از مناطق آلوده به مناطق غیرآلوده منتقل می‌کنند. ویروس آبله آلو می‌تواند دست‌کم از طریق 20 گونه از شپش‌ها منتقل شود (گرچه 4­6 گونه از مهم‌ترین آن‌ها به شمار می‌روند). شپش‌ها قادرند ویروس آبله آلو را کیلومترها جابه‌جا کنند. ویروس‌های گیاهی دامنه میزبانی وسیعی را به خود اختصاص می‌دهند (هلو، آلو، زردآلو، شلیل، بادام و گیلاس). وجود ناقلان بیماری از یک طرف و میزبان‌های متعدد از طرف دیگر، گسترش و استقرار ویروس‌ها را تسهیل کرده‌اند. همچنین ویروس‌ها از طریق بخش‌های گیاه آلوده و گرده افشانی تکثیر می‌شوند، مثلاً ویروس عامل دوکی شدن غده سیب‌زمینی که قادر است بذر سیب‌زمینی را آلوده کند.