I. Standard PCR
این روش یک تکنیک in vitroمی باشد. در این تکنیک، بااستفاده از آنزیم DNA پلی مراز و پرایمر کوچک تک رشته ای DNA، کپی های متعددی از یک توالی مشخص DNA تولید می گردد. پرایمر مورد استفاده معمولا18 تا 22 نکلئوتید دارد. در این تکنیک، توالی دو رشته ای DNAبه صورت شیمیایی یا با استفاده از دمای بالا (95 درجه سانتی گراد) بازشده وDNAبه صورت تک رشته در می آید. شمای این فرایند در شکل (7) نشان داده شده است

شکل (7) نمایی از تکنیک PCR

II. Real-Time PCR
این تکنیک حساس ترین روش جهت شناسایی نوکلئوتیدها می باشد. در این تکنیک شناسایی کیفی و کمی نوکلئوتیدها به محض تولید گزارش می شود و مانند PCR استاندارد تاخیری نیست.اندازه گیری ها با استفاده از پرایمرو پروپ داخلی حاوی نمایشگر یا گزارشگر فلورسنت وملکولهایخاموش کننده انجام می شود.برای اجرای تکنیکReal-time PCR تجهیزاتی چون ترمو سایکلر، کامپیوتر،انرژی نورانی جهت برانگیخته کردن ملکول برای نشر فلورسنت،وسیله جمع آوری داده ها و نرم افزار پردازشگر مورد نیاز است. دو دستگاه R.A.P.I.D. ساخت شرکت Idaho Technology و BioSeeq Handheld PCR Detector ساخت شرکت Smiths Detection که با این تکنیک کار می کند معرفی می گردد. نمایی از این دو تجهیز در شکل های (8) و (9) ارائه شده است.

شکل (8) آشکارسازR.A.P.I.D System 7200

شکل (9) آشکارساز BioSeeq

III. Reverse Transcriptase PCR
این تکنیک برای ترجمه RNA به DNA قبل از انجام فرایند PCRبه کار می رود.ژنوم ویروسها بر پایه RNA می باشد. پس برای انجام PCR در ابتدا باید مرحله برگردان رونویسی صورت گیرد(RNA به DNA). این برگردان با استفاده از آنزیمrTth DNA پلیمراز صورت می گیرد. پس از انجام این مرحله از تکنیکStandard PCR یا Real-Tme PCR برای انجام مابقی فرایند استفاده می شود.

5تکنیکهای هیبرید ملکولی
این تکنیک از فرایندهای بیوشیمیایی مختلفی برای تقویت و شناسایی هدف استفاده می کند. این تکنیک شامل انواع مختلفی است که هر یک معرف ها و روشهای خاص خود را دارند و معمولا از DNA و یا RNAخالص شده از نمونه آغاز می شود. این تکنیک بیشتر برای شناسایی آزمایشگاهی و قطعی نمونه ها استفاده می شود و برای آشکارسازی اولیه مورد استفاده قرار نمی گیرد. انواع مختلف روش های تکنیک هیبرید مولکولی عبارتند از:
• Branched Chain DNA Signal Amplification (bDNA)
• Invader Assay
که نمایی از این تکنیک در شکل (10) ارائه شده است:

شکل(10) نمایی از تکنیک Invader assay
• Rolling-Circle Amplification (RCA)
• Q-Beta Replicase
• (LCR) Ligase Chain Reaction
این تکنیک مشابه PCR می باشد و مانند آن نیازمند ترموسایکار برای اجرای واکنش می باشد. در این تکنیک، از دو پرایمر در هر رشتهDNA استفاده می گردد. همچنین درLCR، از دو آنزیم DNA پلی مراز و DNA لیگاز، برای انجام واکنش استفاده می شود.
• (SDA) Strand Displacement Amplification
نمایی از این تکنیک در شکل (11) آورده شده است:

شکل (11) شمای تکنیک Standard Displacement Amplification

6 تکنیک های آرایه ملکولی
این تکنیک ها براساس قوانین جفت بازها(A-T or A-U and G-C) می باشند.در تکنیک توالی DNA مجهول(هدف) با توالی DNA معلوم(پروپ) تطبیق داده می شود.این تکنیک عمل شناسایی نقشه بیان ژن را بوسیله اندازه گیری کدینگ دوطرفه با استفاده از تعداد بیشماری DNA یاmRNA انجام می¬دهد.دستگاه GeneTAC Biochip System ساخت شرکت anufactured by Genomic Solutions برای این منظور طراحی شده است. نمایی از این دستگاه در شکل (12) ارائه شده است:

شکل(12) آشکارساز GeneTAC Biochip System