رایج‌ترین رویکرد برای تعریف و طبقه‌بندی پاتوژن‌های مخرب بر اساس میزان ارتباط آن‌ها با محصول یا ذخایر غذایی است. اندرسون و همکارانش (2004) طبقه‌بندی پاتوژن‌های نوظهور را در چهار گروه عمده بیان می‌کنند: 1) پاتوژن‌های چهار محصول اصلی (گندم، برنج، ذرت و سیب‌زمینی)؛ 2) پاتوژن‌های محصولات زودبازده ؛ 3) پاتوژن‌های محصولات غیر خوراکی؛ 4) پاتوژن‌های گیاهان وحشی. اگرچه این طبقه‌بندی بر اساس یک بررسی جهانی و جامع روی کشاورزی و ذخایر غذایی صورت گرفته است، به جنبه‌های محلی کشاورزی که از نظر جغرافیایی و تجاری متفاوت‌اند نیز کاملاً مشرف است. تحلیل خطر آفات پاتوژن‌هایی که هم اکنون در مزارع کشاورزی وجود دارند یا تصادفاً شیوع یافته‌اند، شامل تمامی عوامل طبقه‌بندی از جمله گسترش آفت، بیولوژی و اپیدمیولوژی پاتوژن و ارتباط آن با محیط است (Yang et al. 1991). در چنین مواردی بسیاری از اطلاعات در دسترس‌اند و اقدامات واکنشی به منظورکنترل پاتوژن مخرب می‌تواند اعمال شود. تحلیل صدمات ناشی از شیوع تعمدی پاتوژن‌ها عوامل بیشتری را به میان می‌آورد که باید مورد توجه قرارشان داد. این عوامل بیولوژی آفت، میزان آسیب‌رسانی و توانایی در استفاده از آن به عنوان سلاح را شامل می‌شود. اسخات (1999) برای ارزیابی پاتوژن به عنوان یک سلاح، روش ساده‌ای پیشنهاد می‌کند. وی با محاسبه پارامترهای ذیل «شاخص پاتوژن مؤثر» را ابداع کرده است: تولید توکسین، سهل الوصول بودن، قابلیت انتقال؛ قابلیت انتشار در ابعاد بزرگ، عفونی بودن منجر به ایجاد قرنطینه شدن؛ مشکل‌ساز بودن بدون کنترل شیمیایی و مقاومت میزبان؛ نبود هیچ روش سریع و مطمئن برای تشخیص سریع آن؛ ایجاد آلودگی نظام‌مند؛ انتشار سریع؛ تلفات شدید و مدت زمان بقای طولانی و مقاومت بالا. مدن (2002) مدلی دینامیکی برای ارزیابی تهدید پاتوژن‌های گیاهی به عنوان سلاحی بیولوژیکی مطرح می‌کند. مدن و ویلیس در سال 2003 با استفاده از مدل شاخص پاتوژن مؤثر اسخات، به شرح مفصل‌تری از این مدل پرداختند. فلونگ و همکارانش در سال 1999 برای مقابله با انتشار علف‌های هرز رویکرد مشابهی پیشنهاد کردند. سایر روش‌ها برای ارزیابی تهدید آفات مهاجم و فرایندهای تصمیم‌گیری با استفاده از معیارهای چندگانه نیز پیشنهاد شده است (Cook and Proctor, 2007).