برای نمونه مرکز خدمات نظارت بر سلامت دام و گیاه ایالات متحده امریکا به تهیه فهرستی پرداخته که اولین هشت پاتوژن تهدیدکننده گیاهی را شامل می‌شود. سازمان حفاظت از گیاهان اروپا دو فهرست از پاتوژن‌ها تهیه کرده که عبارت‌اند از: فهرست A1 ­ شامل آفاتی می‌شوند که خارج از منطقه اروپا هستند؛ فهرست A2 ­ شامل آفاتی‌اند که هم اکنون در مناطق اروپایی وجود دارند. این سازمان به منظور جلب توجه و همکاری بیشتر کشورهای عضو فهرستی مجزا از پاتوژن‌هایی تهیه کرده که به تازگی وارد یکی از دو فهرست A1 یا A2 شده‌اند یا نگرانی‌هایی را ایجاد کرده‌اند (EPPO, 2007). این فهرست‌های قرنطینه‌ای به صورت دوره‌ای بازبینی می‌شوند. هدف اصلی در تدوین فهرست قرنطینه‌ای پیشگیری از شیوع یک پاتوژن انتخاب شده در کشور است.
مقررات و قوانین قرنطینه‌ای پاتوژن‌هایی را مشخص می‌کند که تولید محصولات کشاورزی یک کشور را به مخاطره می‌اندازد. لزوماً فهرستی از تهدیدکننده‌ترین پاتوژن‌هایی که قادرند به عنوان سلاح‌های ضد محصولات استفاده شوند، یکسان نیستند. ایجاد فهرستی از پاتوژن‌های مخرب اولین قدم برای آمادگی به منظور واکنش سریع و جامع در مقابل شیوع بیماری‌هاست. چنین واکنشی، به سرعت در برابر قدرت تخریبی سلاح‌های پاتوژنی غلبه کرده و به محدود نگه داشتن پاتوژن، جلوگیری از گسترش آن و سرانجام ریشه‌کنی آن از مناطق تحت هجوم منجر خواهد شد. در کشورهای مختلف فهرست‌هایی رسمی از سلاح‌های پاتوژنی که هدفشان انسان و دام است نیز وجود دارند. فهرست‌های متعددی به طور داوطلبانه با اهداف گوناگونی مثل محدودیت‌های تجارت بین‌الملل تولید و به چاپ رسیده‌اند. با وجود این، در اکثر کشورها تنها فهرست رسمی همان فهرست قرنطینه‌ای است.
پیشنهاد ما طبقه‌بندی پاتوژن‌های مخرب در شش گروه بر اساس پنج عوامل اصلی منعکس‌کننده تهدید آن‌ها به عنوان سلاح در مقابل کشاورزی کشورهای اروپا و حوزه مدیترانه است. معیارهای زیر دستور العمل پاتوژن‌های مخرب است:
1. نوع تهدید و دایره اثرگذاری آن.
● سلامت غذایی. تولید توکسین از پاتوژن‌های گیاهی در محصولات کشاورزی، بزرگ‌ترین تهدید برای سلامت انسان و دام است.
● تجارت. تولیدات کشاورزی اروپا و کشورهای حوزه مدیترانه صادرات و واردات محصولات تازه کشاورزی مانند میوه، سبزی، محصولات آرایشی، بذر و امثال آن را در بر می‌گیرند. بنابراین، هجوم آفات پاتوژنی مخرب می‌تواند به فلج کردن صادرات یک کشور منجر شود.
● اجتماعی. زیرساخت‌های بسیاری از کشورهای اروپایی و حوزه مدیترانه به تولیدات بخش کشاورزی وابسته‌اند (مانند تولید، بسته‌بندی و فروش محصولات). این بخش در برابر بسیاری از تهدیدات بیولوژیکی بسیار شکننده و آسیب‌پذیر است.
● تلفات محصول. تأثیر مستقیم پاتوژن‌ها ایجاد خسارات در بخش محلی خواهد بود. بنابراین، تهدید اصلی استقرار یک پاتوژن در منطقه و نهایتاً گسترش و صدماتی است که در پی دارد.
● محیط زیست و تنوع زیست‌محیطی. استفاده از سلاح‌های بیولوژیکی در زیستگاه‌های طبیعی مانند جنگل‌ها چه بسا موجب تغییرات جدی در سیستم‌های زیست‌محیطی شود، از جمله نابودی گردشگری بومی، جایگاه‌های تفریحی و حتی برخی صنایع مانند چوب و الوار.
2. نوع محصول. سلاح‌های بیولوژیکی می‌توانند صدمات سنگینی بر محصولات غذایی (چهار محصول اصلی گندم، برنج، ذرت و سیب‌زمینی) و محصولات غیر خوراکی وارد کنند.
3. طبقه‌بندی کلی پاتوژن‌ها. طبقه‌بندی نظام‌مند پاتوژن‌ها (ویروس‌ها، باکتری‌ها و قارچ‌ها)، نوع و اندازه تهدید را مشخص می‌کند. ماهیت ارگانیسم، اثر مهمی بر قابلیت آماده‌سازی و توسعه سلاح بیولوژیک و همچنین توانایی پاتوژن برای استقرار در منطقه‌ای جدید پس از شیوع تعمدی آن دارد.
4. نوع بیماری و گسترش آن. طبیعت و میزان گسترش و توسعه بیماری در آن خود تهدیدی بالقوه برای شیوع پاتوژن‌هاست. موارد زیر عوامل اصلی در ارزیابی گسترش بیماری را بررسی می‌کنند:
● چرخه بیماری. اپیدمی بیماری‌های گیاهی عبارت است از چرخه‌های تکراری توسعه پاتوژن‌ها به همراه گیاه میزبان و شرایط محیطی است. پاتوژن‌های تک‌چرخه‌ای ، تنها مولد یک چرخه‌اند (چرخه عفونی)، در صورتی که پاتوژن‌های چندچرخه‌ای قادرند در هر چرخه چندین چرخه عفونی را برای هر محصول ایجاد کنند. لذا خسارات وارده از پاتوژن‌های چندچرخه‌ای به مراتب سنگین‌تر از پاتوژن‌های تک‌چرخه‌ای است.
● ارتباط ناقل. وجود ناقلان بیماری و کمک به چرخه زندگی و بقای یک پاتوژن، میزان تهدید را افزایش می‌دهد. در چنین شرایطی تکثیر، توزیع و گسترش پاتوژن‌ها در منطقه تحت بیماری سرعت گرفته و ریشه‌کنی و مهار مؤثر پاتوژن را دشوار می‌کند. کوچک‌شدگی برگ آسیایی یکی از مهم‌ترین عوامل گسترش بیماری شانکر مرکبات در فلوریدای امریکاست که در کشورهای آلوده امریکای لاتین و برزیل گزارش نشده است.
● بقای پاتوژن در منطقه آلوده. اکثر پاتوژن‌های گیاهی قادرند بدون بروز علایم و نشانه‌های بیماری، گیاهان میزبان را آلوده کنند. منطقه تحت هجوم پاتوژن‌ها ممکن است گیاهان هم‌خانواده، گیاهانی با گونه‌های متفاوت یا حتی گیاهان وحشی و علف‌های هرز را نیز دربر گیرد. وسعت این منطقه می‌تواند بسیار وسیع باشد. خدمات بازرسی و کنترل سلامت گیاهان و حیوانات ایالات متحده امریکا، فهرستی از 97 میزبان قارچ فیتوفتورا راموروم ، عامل مرگ ناگهانی درخت بلوط، تهیه کرده است (APHIS, 2006).
● انتشار. طیف گسترده‌ای از پاتوژن‌های گیاهی از طریق کالاها، به خصوص بذر، پراکنده و منتشر می‌شوند. خطر بالقوه آلودگی پاتوژنی از طریق بذر گیاهان، توانایی گسترش سریع پاتوژن در مناطق وسیع طی مدت زمان کوتاه است. انتقال پاتوژن از طریق بذر، لزوماً باعث بروز علایم بیماری در اولین برداشت محصول نمی‌شود. با وجود این، پاتوژن‌ها را قادر می‌سازد پیش از شناسایی، مدت زمانی طولانی در یک منطقه حضور داشته باشند. به طور کلی انتقال پاتوژن‌ها و بیماری‌های باکتریایی و قارچی مثل سیاهک، زنگ و امثال آن توسط بذر امکان‌پذیر است.
● راهکارهای کنترل گونه‌های مهاجم. توانایی مقابله با خسارات ناشی از شیوع پاتوژن‌ها و ریشه‌کنی آن‌ها از منطقه آلوده شده، نیازمند دانش، ابزار و فناوری‌های پشتیبانی، ریشه‌کنی و کنترل عامل مهاجم است.